Muchas versiones se han fraguado con respecto a la aparición de la Virgen de la Caridad del Cobre, en las aguas de la bahía de Nipe, al norte de la actual provincia de Holguín, en el año 1628.

Unas dicen que ello ocurrió durante una tempestad; otras que fue en un día claro, tranquilo y luminoso. El primer relato, que es el más extendido, consigna que la imagen sagrada avanzó sobre las olas en pie, ricamente ataviada y sin mojarse sus vestiduras, para proteger a tres pescadores que tripulaban una pequeña embarcación que estaba a punto de zozobrar.

En la mencionada embarcación los tres navegantes se nombraban Juan el Indio, Juan el Negro y Juan el Blanco. Eran los tres "juanes" a los que se les quería brindar protección, lo cual se ha difundido mucho en los relatos religiosos.

Sin embargo, hay otra historia que sostiene que la aparición de la que es hoy Patrona de Cuba, venerada con gran fervor por el pueblo cubano, no ocurrió de la forma anterior, sino que dos hermanos siboneyes, llamados Juan y Rodrigo de Hoyos y un negrito de nueve años conocido por Juan el Moreno, fueron los que la encontraron.

Ellos según cuenta el relato salieron del puerto de Varajagua, dentro de la propia bahía, en busca de salinas y se alojaron en Cabo Francés para pasar la noche y continuar viaje al día siguiente, pero una tempestad los retuvo en la soledad del cayo por tres días. Al amanecer del cuarto, el mar estaba tranquilo, y prosiguieron en su empeño.

La claridad del nuevo día se apreciaba sobre el monte y el mar espejeaba, dando ánimo a los peones para seguir adelante. Apenas comenzaron a mover los remos, de repente no muy lejos, los tres amigos descubrieron una imprecisa forma blanca como si fuera una ave marina, que impulsada por la corriente venía hacia ellos. Al recogerla, apareció la imagen de la Virgen de la Caridad.

Conocido el hallazgo el capitán Don Francisco Sánchez de Moya, administrador del Real de Minas, ordenó que se le construyera una ermita a la virgen, la cual fue hecha de paja y situada frente a la casa de viviendas del Hato, quedando al cuidado la misma el sacristán Diego de Hoyos.

Poco tiempo después se dispuso el traslado de la Virgen al Real de Minas del Cobre, lugar donde se le edificó un fastuoso santuario, en el cual permanece hasta nuestros días.